PROTAC/分子胶 蛋白质组分析
定量评估蛋白降解效率、脱靶效应和下游信号通路变化，支持靶向蛋白降解药物的全流程开发。
PROTAC/分子胶靶向蛋白降解蛋白质组分析服务
DoDT® TPD 组学分析特色
DoDT®平台针对靶向蛋白降解（TPD）药物（PROTAC、分子胶等）提供全面的蛋白质组学分析方案。突破传统Western blot单靶点验证的局限，在全蛋白质组水平定量评估降解效率、选择性和脱靶效应。利用TMT多重定量和DIA高通量技术，可同时监测数千种蛋白的丰度变化，精准识别三元复合物形成相关的蛋白-蛋白相互作用界面变化。
全蛋白质组降解效率定量
脱靶蛋白系统性鉴定
三元复合物形成分析
下游信号通路重塑监测
PROTAC/分子胶 应用案例
DoDT®平台已支持多个PROTAC和分子胶药物的临床前开发项目，包括：TRIM21分子胶的降解特异性分析（相关成果发表于Cell期刊）、AR PROTAC的雄激素受体降解动力学研究、以及多靶点PROTAC的选择性优化。平台整合Orbitrap Astral超高通量质谱，实现8分钟内8,200+蛋白的深度鉴定，为TPD药物开发提供前所未有的数据支撑。
DoDT® TPD 分析技术路线
TPD分析技术路线：（1）药物处理 — 不同浓度和时间梯度的PROTAC/分子胶处理细胞或组织模型；（2）样品制备 — 基于TMT多重标记或Label-free的蛋白提取与酶解；（3）LC-MS/MS采集 — Orbitrap系列高分辨质谱DDA/DIA分析；（4）DeepK®数据解析 — 降解曲线拟合、选择性评分、通路富集分析和可视化报告生成。